本校原為沙田循道衛理小學上午校，由辦學團體香港基督教循道衛理聯合教會於一九八九年在沙田廣源村創立。本校一向秉承辦學團體的辦學宗旨「本基督精神，發展全人教育；藉宣講福音，培育豐盛生命。」服務社區，並深得家長及社區人士支持。在二零零零年獲當時之教統局分派一所新校舍，轉為全日制小學，同年九月遷往馬鞍山，改名為馬鞍山循道衛理小學。
本校秉承基督精神，提供優質生命教育，讓學生於靈、德、智、體、群、美各方面有均衡的發展，培養基督化的人格和品德，達致豐盛的人生。經過多年來的發展，我們建立了優質學校管理系統、健康校園、優化評估政策、發展以學生為本的教學模式，提供以學生為本的優質教育。透過製訂政策、設計課程及安排多元化的活動，冀能建立學生擁有良好的自我形象、正確的價值觀念、及培養積極、正面的人生態度，活出豐盛生命。
本校於二零零六年九月獲本辦學團體學校教育部資助，提供額外資源，以發展優質生命教育為本校特色。透過營造校園生命教育氛圍、生命教育活動及不斷更新之校本生命教育課，讓學生從聖經的基礎中，建立正確的價值觀念及良好態度，培養欣賞自己及學習與人和睦的精神。本校亦建立學生成長檔案，紀錄學生六年的校園生活點滴，讓學生能了解自己在校的成長過程。在課程方面，全面推行新編之生命教育課程，並繼續運用電影於生命教育課中。此外，本校將繼續裝備教師，加強教師的知識、態度及技巧，希望在教學上融滲「生命教育」理念，培育學生成長。
2000年度 |
o 1999年向教統局申請一所新校舍。2000年遷入馬鞍山校舍上課，轉為全日制小學。
o 參加香港專業管理協會「優質校本管理計劃」，以ISO9002為校本管理基礎。經評核後獲發ISO9002國際管理証書。 |
2001年度 |
o 將生死教育加入「輔導成長課」轉為「生命教育課」。
o 安排五年級學生參加港穗交流活動，此後每年均同時安排五六年級學生到國內進行交流活動。
o 開始安排集體備課及進行課程調適，加強學與教效果。
o 教統局推行「學生輔導服務新措施」，增加輔導人手比率，本校獲安排一位學生輔導主任全時間駐校，統籌學生輔導工作。 |
2002年度 |
o 採納「世界衛生組織」架構，發展健康學校為本校特色。
o 結合生死教育及輔導成長課，發展生命教育課程。 |
2003年度 |
o 發展健康學校，並接受「中文大學醫學院健康教育促進中心」及「世界衛生組織」進行評核，在6大評核範疇中，獲取5優1良成績。
o 結合聖經科及生命教育課為「基督教與生命教育科」。
o 在一年級開始以普通話教授中文科，逐年擴展至六年級。
o 接受教統局校外評核，在14範疇中獲得6優8良成績。 |
2004年度 |
o 發展健康學校，獲「中文大學醫學院健康教育促進中心」及「世界衛生組織」頒發銀獎。
o 籌備五周年校慶活動及綜合晚會。
o 探討發展「優質生命」為學校特色。 |
2005年度 |
o 發展優質生命教育。
o 籌備五周年校慶感恩崇拜暨嘉年華，並出版學校發展文集「春風薈萃」及五周年校刊。 |
2006年度 |
o 發展優質生命教育，編寫生命教育教材。 |
2007年度 |
o 出版校本生命教育課本，並策劃在廣州舉行港穗台生命教育及思品教育研討會，共有九間學校參加，出席教師人數達200人。
o 安排中英數及生命教育示範課，提升教學效能。 |
2008年度 |
o 發展優質生命教育為本校特色。
o 優化生命教育課程。
o 接受教育局第二次校外評核。 |
2009年度 |
o 優化生命教育課程及出版優質生命教育特刊。
o 籌備十周年校慶活動，包括便服籌款日、步行籌款日、綜藝晚會等。 |
2010年度 |
o 優化生命教育課程，並向外間機構分享「生命教育」教學經驗。
o 優化教學，引入「以腦科學為本的學與教」等計劃，培訓教師，並促使應用於日常課堂教學上，提升學生共通能力。
o 舉辦十周年校慶活動，包括便服籌款日、優質生命嘉年華及出版十周年校慶特刊。 |
2011年度 |
o 深化「以腦科學為本的學與教」教學，增加學生課堂參與，促成更有效的學習。
o 強化兩文三語︰進行「英語提升計劃」，並推動粵語、英語及普通話戲劇活動。
o 改革校內評估，參與考評局優質評核認證計劃。
o 多次舉辦及協辦生命教育活動，向兩岸四地教育人士分享學校生命教育特色。
o 建立綠色廚房，引入現場分飯計劃，試行新午膳模式，提供更健康之午餐。 |
2012年度 |
o 深化「以腦科學為本的學與教」教學，加強提問教學，促成更有效的學習。
o 設計自學學習活動，應用有關策略，誘發學生學習動機，提升學生學習技巧。
o 強化兩文三語︰繼續進行「英語提升計劃」，並推動粵語、英語及普通話戲劇活動。
o 研究以電子通告改善家校聯繫，試用學科電子學習材料。
o 改革校內評估，加入重考制度，編輯考評手冊，獲考評局優質評核認證計劃。
o 籌備並成立法團校董會。 |
2013年度 |
o 改革校內評估，優化評估報告及跟進機制。
o 成立法團校董會，一切運作順利。
o 整理德育、公民及國民教育工作，優化有關工作。
o 獲選參加「公營學校改善行政管理計劃(第二期)」，建立系統以改善有關工作。
o 以電子通告改善家校聯繫，試用學科電子學習材料。 |
2014年度 |
o 學校成立十五周年，舉行多項活動慶祝學校校慶。
o 將全學年分成三學期，每期設一次評估。
o 為有效平衡課時及配合課程教學，特改動上課時間表，並以循環周方式進行，每一循環為六天。
o 分開印製學生手冊及家課冊，方便學生處理有關資料。
o 將普通話科拼入中文科，使以普通話教授中文科更為靈活有效。 |
2015年度 |
o 學校成立十五周年，舉行多項活動慶祝學校校慶及出版十五周年校慶沐恩集。
o 優化收費及通告系統，減省行政程序，亦方便家長處理有關事宜。
o 購置平板電腦，在各科試行電子教學。
o 推行「馬循之星」中央獎勵計劃，提升學生禮貌、紀律、整潔、勤學及平和素養。
o 建立資源庫︰有效管理教學及評估資料。
o 優化課業質量及有關設計。
o 成立綠色校園電視台。
o 改建校務處，加裝課室電視及實物投影器。 |
2016年度 |
o 利用手機程式，加強家校聯繫。
o 優化收費系統，期望減省行政程序，亦方便家長處理有關事宜。
o 更換校內通訊系統，加快訊息傳遞。
o 改善校園無線網絡設施，應用更多電子學習。
o 與沙田循道衛理小學及大埔循道衛理小學三校合作STEM科學科技教學聯校發展計劃。
o 推行電影生命教育計劃。
o 優化默想小徑課程及有關建設。
o 推行「馬循之星」學生成長計劃︰「小腳板遊世界」。
o 全體教師到台灣進行「台灣生命教育交流活動」。 |
2017年度 |
o 成為香港中文大學教育學院賽馬會「知優致優」計劃主力學校，與各院校共同發展，提升校本資優教育。
o 亦獲教育局校本支援組資源，協助優化五年級中文課程。
o 成立校園電視台，讓學生有更多發揮的平台，亦為學校提供多元化的資訊節目。
o 繼續與沙田循道衛理小學及大埔循道衛理小學合辦STEM科學科技教學聯校發展計劃，透過分享資源及觀摩學習，共同發展STEM教育。本校與沙田循道衛理小學及大埔循道衛理小學獲本會李黃冰斯教育基金頒發「優異教育計劃獎」。
o 推行「馬循之星」學生成長計劃︰「上帝的創造」。
o 獲教育局及香港基督教服務處頒發「關愛校園」之「推動生命教育主題大獎」。
o 接受教育局到校進行校外評核，學校的發展、運作及自我評核等安排，均獲團隊認定。
o 於一樓加建一個課室，供教學之用。 |
2018年度 |
o 繼續拓展校園電視台「馬循頻道傳衛理」，讓學生有更多發揮的平台，亦增設「生命教育」頻道，為學校提供多元化的資訊節目。
o 為提升班級氛圍、加強師生關係及鼓勵個人探索，本年推行E-課堂，透過老師與學生更多的互動，期望學生更能自律、自愛及主動探索。
o 繼續成為香港中文大學教育學院賽馬會「知優致優」計劃主力學校，與各院校共同發展，提升校本資優教育。
o 獲選參加衞生防護中心「學校外展疫苗接種先導計劃」，免費為學童接種流感疫苗。
o 跨科學計劃：參與香港基督教服務處「釋放長假期空間，自主學習計劃」
o 調整上下課時間：一般上學時間及放學時間改為由上午7時55分至下午3時05分，以增加學生午膳及休息時間。
o 建立科創天地INNOTEC CENTRE，推動科學科技教育。
o 一樓小禮堂加裝LED屏幕，有利教學及演講。 |
2019年度 |
o 本學年本校剛進入20周年，本學年度繼續安排校慶活動，以感謝上帝的帶領，使本校有良好的發展。透過各項活動，讓各持分者一同回顧、感恩和努力向前。
o 學校繼續着力推行正向價值教育，配搭「馬循達人」、「E課堂」等計劃，提升學生品德素養。在學與教方面，教師們引入外間支援，設計不少校本課程，舉行多個學習活動，如「個人探究計劃」，均增強學生的自主學習、創意及探究精神。
o 2019年社會事件︰2019年11月期間，學校因社會事件停課，除取消部分活動外，還取消一至五年級的評估。
o 2020年疫症事件︰2020年2月起，學校因新型冠狀病毒爆發停課，期間所有活動差不多停止，還取消一至四及六年級的評估二及評估三。惟學校仍不斷努力緊守崗位，創建另類學習及聯繫方式。
- POWER LESSON︰教師們在停課不停學期間，以內聯網學習平台製作課業，讓學生自學。
- 陽光電話及陽光視頻︰透過電話及視像程式聯繫家長及學生，了解學生狀況，予以關心、鼓勵及支援。
- 視頻教學︰透過視像程式教學，增加師生互動，以加強學習效能。
- 加強校園衛生及防疫措施︰在校內增購防疫物品，安裝檢測體溫及校園消毒器材，出調整，以讓校內人士保持適當距離。
- 增加教學時間︰於復課後增加兩周教學時間，延後放暑假。
o 重點視學︰教育局於2020年7月初到校作重點視學，檢視學校在停課期間對學生學習及成長發展的工作，就視學報告顯示，在照顧學生學習及成長發展，並與家長溝通方面，本校在領導、策劃、實施及評估等各範疇，均有極佳的表現。 |